Vom Pflanzengift oder Tiergift über Metalle und Säuren bis hin zu heimischen Wald- und Wiesenpflanzen wird alles verwendet. Man unterscheidet folgende Ausgangsstoffe:
Pflanzen: Verwendet wird für manche Arznei die ganze Pflanze, für andere finden nur Pflanzenteile Verwendung, wie die Samen, Wurzeln, Blätter, oder auch die Blüten. Es werden giftige Pflanzen verwendet, wie etwa Belladonna, die Tollkirsche, oder aber ganz alltägliche wie Arnika, oder auch heimische Heilkräuter wie Kamille, oder Ringelblume.
Tierische Ausgangsstoffe. Zur Arzneiherstellung wird zum Teil der ganze Organismus genommen wie es bei Honigbiene oder dem Tintenfisch der Fall ist, oder nur ein tierisches Produkt, wie zum Beispiel ein Schlangengift.
Anorganische Arzneistoffe. Es werden Metalle wie Gold oder Zink, nichtmetallische Substanzen wie Nitrate, oder Chloride zur Herstellung verwendet.
Organische Ausgangsstoffe. Zu dieser Gruppe zählen zum Beispiel komplexe Verbindungen wie Essigsäure oder Nitroglycerin.